宫内膜异位症相关，所以有巧克力囊肿的女性怀孕不如正常人容易，而且怀孕后流产的风险也高了不少。巧克力囊肿不但损害卵巢内血管的分布，还降低了卵巢对促性腺激素的反应，降低卵巢的储备。此外，巧克力囊肿通过广泛的未知分泌通路来干扰卵子的受精至着床一系列过程，使卵子质量下降、内膜中整和素下降、内膜容受性下降，从而干扰受精卵着床。
巧克力囊肿俨然已成为不孕因素之一，但患上巧克力囊肿仍有可能自然怀孕，只是几率较低。那么，很多人会想到先做巧克力囊肿手术再怀孕。手术又有怎样的影响呢？
巧克力囊肿手术对怀孕的影响在于，其所在病变位置是卵巢，正常怀孕需要卵巢能规律排出卵细胞，并和精子结合形成受精卵。倘若巧克力囊肿过大，手术剔除后会使剩下的卵巢皮质很少，或者手术中电凝止血的热损伤也会影响皮质，且这种损伤是不可逆的。
为了保护女性的生育功能，现代医学往往更倾向于不做巧克力囊肿手术的情况下促排卵，增加窦卵泡储备，等待生育完成后再处理巧克力囊肿。然而，有些比较大的巧克力囊肿直径已超过5厘米的，要严密监测，以免发生扭转、破裂惹来急腹症、盆腔黏连和不孕症。在意外发生时，往往要马上手术。
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